对各地发现的小产权房问题，国土部目前采取“一案一处理”的方式。待总体性整治方案出台后，将对小产权房统一处理
随着小产权房“遍地开花”，主管部门的整治行动也正式提上日程。国土部等14个部委组成的“小产权房整治处理领导小组”已开过相关会议，目前正研究制定小产权房整治方案。
2010年5月4日，在“国土资源部挂牌督办违法案件及2009年土地例行督察公告”新闻发布会上，国土资源部执法监察局局长李建勤透露。
李建勤指出，对各地发现的小产权房问题，国土部将采取“一案一处理”的方式。对全部小产权房总体性的处理，则待14部委提出的治理方案获国务院同意后一并整治。
此前，在国土资源工作会议上，国土资源部部长徐绍史曾表示，清理“小产权房”是国土资源部今年要重点打好的一场硬仗。他认为，“今年如果不清理小产权房，城镇化进程加快之后，问题会进一步蔓延，范围会进一步扩大。”
在5月4日新闻发布会上，国土资源部还公布挂牌督办四起案件，均与违法违规使用集体土地有关。其中，北京市怀柔区杨宋镇出售集体土地建房案，即是一起典型的小产权房案。
2004年至2006年期间，北京市怀柔区杨宋镇以出租为名出售集体土地建房，在2007年3月专项整治中被清理，但2009年年初，个别项目又开始建设、销售。国土部透露，杨宋镇违规建房项目共占地238.51亩，均不符合土地利用总体规划和城市规划。
国土部要求，对尚未销售的和2007年12月30日以后新建、续建的房屋予以拆除，并拆除圈建的围墙；对2007年12月30日以前销售的已建成房屋，待小产权房处理政策出台后一并处理。
李建勤要求，分清责任，依法依规追究开发商、村干部等有关人员的责任；对违法建设立即叫停，责令开发商停止对外销售，并采取停电、停水措施；对已划分地块对外出租土地待建的，责令退还土地。
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