首先是有些城市由于房屋登记系统不完善，根本不具备确认第二套房的查询条件；其次，各城市房屋登记系统尚未联网，无法查询购房者异地购房的情况，因此很有可能给跨区域的第二套房辨认留下盲区；此外，还有一种“钻空子”的可能，就是夫妻双方户口不在一处，且户口尚未及时变更为“已婚”的，则很有可能再开出单身证明，用于申请套房贷款。
中指研究院舆情分析报告认为，三部委出台的二套房认定标准目的在于抑制投机性购房需求，但由于“认房又认贷”的标准十分严格，避免不了要误伤一部分合理的自住型购房需求，比如因原房屋陈旧、狭小等原因而具有改善性需求的购房者；曾利用贷款买房但已卖出房屋，银行征信系统里仍然有贷款记录者；被拆迁的购房者。这部分自住型需求通常对首付比例和贷款利率的敏感度较高，在新的二套房认定标准下，他们很难筹集到足够的资金来购买房屋。
房屋普查“雷区”
“二套房”认定的尴尬，再次给性房屋普查工作制度化敲响了警钟。
中国房地产业协会副会长朱中一告诉《财经国家周刊》记者，有关“城镇居民人均住房面积”等重要的基础性住房数据，至今使用的还是估算的模糊数字。这甚至成为起草房地产业发展“十二五”规划建议稿时的一大障碍。为此，朱中一建议:尽快开展范围的房屋普查工作。
“如果一个国家对居民住房情况都弄不清楚，住房政策就很难准确。”现年80岁的著名房地产包宗华对《财经国家周刊》记者说，自己已记不得为房屋普查呼吁过多少回了。
包宗华早年曾为建设部政策研究主任、中国房地产研究会副会长。据他介绍，1985年次房屋普查时，有近70万城镇人口接受了调查。而那次“房普”之所以能最终成行，离不开住房局一位副局长的力排众议和直言进谏，“当时连局长都反对，认为普查耗费人力物力巨大，条件不具备。”
但恰恰是这次“强争”来的房屋普查，为后来的住房制度改革提供了重要的参考数据，作出了历史性贡献。
《财经国家周刊》记者了解到，北京市曾在2007年7月开展过一次全市范围的房屋普查，目的是“摸清家底”。普查工作可谓“举全市之力”进行，北京市主管副市长亲自挂帅，房管、规划、国土和统计等部门悉数到位；在京的机关事业单位以及军区总后勤部等部门的领导参与协调。
普查工作已过去3年，普查结果至今鲜为人知。住房和城乡建设部政策研究房地产业处处长文 告诉《财经国家周刊》记者，当年她和同事因为一个课题的需要，一直期待普查结果公示，结果“等了3年也没看到”。
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